Bagi membezakan antara tumpuan penekanan dalam agama Shinto, ramailah yang merasakan bahawa pentingnya untuk membahagikan Shinto kepada beberapa jenis:
Shinto Tokong
Shinto Tokong atau 神社神道 Jinja Shinto merupakan Shinto yang penting. Ia menjadi sebahagian sejarah Jepun dan juga termasuk dalam tradisi Shinto yang utama kini. Ia sering dikaitkan dengan imaginasi popular perayaan musim panas, tangkal bertuah, pembuatan permintaan, upacara menjejak tanah, dan menunjukkan sokongan terhadap negara-bangsa Jepun.
Sebelum Pemulihan Semula Meiji, tokong Shinto disusun semula sebagai institusi yang berbeza dengan kuil Buddha. Tokong Shinto dituntut semula oleh kerajaan Jepun semasa zaman penjajahan bagi kegunaan patriotisme dan disusun semula.
Pengganti kepada organisasi imperial, iaitu Pertubuhan Tokong Shinto memantau lebih kurang 80, 000 tokong seluruh Jepun.
Shinto Keluarga DiRaja
Dalam bahasa Jepun, ia dikenali sebagai 皇室神道 Koshitsu Shinto. Ia merupakan upacara yang dijalankan hanya oleh keluarga DiRaja Jepun di tiga buah tokong di kawasan tempat tinggal keluarga diraja. Mereka mempunyai kawasan perlindungan roh nenek moyang atau korei den dan kawasan perlindungan kami dikenali juga sebagai shin den.
Shinto Rakyat
Atau 民俗神道 Minzoku Shinto. Ia termasuklah jenis kepercayaan mengenai dewata dan roh sekeliling. Amalannya termasuklah upacara menyeru dewa, menurun, dan pengubatan secara menyeru nenek moyang. Sesetengah amalan datang dari ajaran Tao, ajaran Buddha, dan ajaran Konfucius. Kebanyakannya juga, dari amalan menurut tradisi lama tempatan.
Shinto Aliran
宗派神道 Shuuha Shinto merupakan agama Shinto yang terhasil sekitar tahun 1890-an bagi membezakan tokong yang dimiliki kerajaan dengan amalan keagamaan tempatan. Amalan Shinto jenis ini tak memerlukan tokong. Amalan keagamaan dijalankan di dewan perhimpunan sahaja.
Shinto aliran ini turut mengandungi aliran pemujaan gunung yang menumpukan kepada pemujaan gunung seperti Gunung Fuji, aliran pemulihan rohaniah, aliran penyucian, aliran Konfucius, dan aliran pemulihan semula Shinto. Baki aliran Shinto lain adalah Aliran Shinto Baru. Kumpulan terkini dalam Shinto Aliran adalah seperti:
- Kurozumikyo
- Shuseiha
- Izumo
- Oyashirokyo
- Fusokyo
- Shinshukyo
- Shinto Taiseikyo
- Ontakekyo
- Shinto Taikyo
- Misogikyo
- Shinrinkyo
- Konkokyo
Shinto Purba
Shinto ini dikenali sebagai 古神道 Koshinto maksudnya Shinto Purba. Ia dibentuk semula dari Shinto pra-Buddha sebelum ajaran Buddha tiba di Jepun. Hari ini, amalannya berasaskan kepada amalan orang Ainu dan orang Ryukyu. Ia diteruskan oleh pergerakan pemulihan semula yang diasaskan oleh Hirata Atsutane.
Semua jenis Shinto utama dan Shinto kecil-kecilan ini melahirkan banyak dan pelbagai aliran Shinto sejak zaman pertengahan sampai hari ini.
